Software: Mecánica Molecular

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Modelado Molecular - Mecánica Cuántica - Visualización - Espectroscopía - Cristalografía - Editores de Moléculas - Bases de Datos - Varios - Antivirus - Didácticos - Compendios
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Nombre del programa
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Plataforma de uso
Funciones del programa
 
Amber School of Pharmacy,  Department of Pharmaceutical Chemistry Mission Bay Campus University of California UCSF  SGI IRIS, LINUX , AMD, IBM-AIX,HP,SUN-OS,MAC-OS,WINDOWS, entre otros sistemas, AMBER refers to two things: a set of molecular mechanical force fields for the simulation of biomolecules (which are in the public domain, and are used in a variety of simulation programs); and a package of molecular simulation programs which includes source code and demos. The current version of the code is AMBER version 7, which is distributed by UCSF subject to a licensing agreement as described below.
         
AmberFFC version n° 1.3 Oxford Molecular SGI IRIS, LINUX , AMD, IBM, HP,SUN, MAC, WINDOWS Campo de fuerza para la simulación de biomoléculas
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CHARMM Harvard University UNIX (Fortran) Mecánica y dinámica molecular para macromoléculas
         
Chimera UCSF FreeBSD, mac OSX, HPTRU64, SGI IRIX, Linux 64, Linux, winwods UCSF Chimera is a highly extensible program for interactive visualization and analysis of molecular structures and related data, including density maps, supramolecular assemblies, sequence alignments, docking results, trajectories, and conformational ensembles. High-quality images and animations can be generated.

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CORINA Molecular Networks GmbH, Altamira LLC windows 32, XP, Vista, 7 para sistemas unix Linux de 32 y 64  A rule and data based system, that automatically generates three-dimendional atomic coordinates from the constitution of a molecule as expressed by a connection table, powerful and reliable to convert large data bases or several hundreds of thoysand or even million of compounds.
         
DelPhi(versión académica) Barry Honig
Laboratory of Computational Structural Biology
Columbia University Medical Center
Unix, Linux, Pc, IBM de AIX, Mac Soluciona la ecuación de Poisson-Boltzmann, que es usada para obtener campos electrostáticos y potenciales de biomoléculas. Calcula energías de enlace de fármacos potenciales que pueden ser rediseñados para una unión óptima con la biomolécula blanco.
         
DL_POLY Collaborative Computational Project for simulations of condensed phases Daresbury Laboratory, UK Código fuente Paquete de simulación de dinámica molecular paralelo.
         
Dock UCSF Linux, Windows y MacOSX predict binding modes of small molecule-protein complexes,search databases of ligands for compounds that inhibit enzyme activity, search databases of ligands for compounds that bind a particular protein, search databases of ligands for compounds that bind nucleic acid targets, examine possible binding orientations of protein-protein and protein-DNA complexes, help guide synthetic efforts by examining small molecules that are computationally derivatized,

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GETAREA Sealy Center for Structural Biology, University of Texas Medical Branch, Galveston servicio de web Calcula el área de superficie accesible en solventes, energia de solvatación atómica y los gradientes para macromoléculas
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GMMX Serena Software Windows (7 and 8.1)
Macintosh OS X (10.5 - 10.9)
Linux (OpenSuse 12 &13)
Minimización de energía estérica con el campo de fuerza MMX
         
Gromacs University of Groningen CentOS, Suse, MacOsX, código fuente en C Dinámica molecular en paralelo
         
GROMOS BIOMOS b.v
Prof. Dr. W. F. van Gunsteren
Laboratory of Physical Chemistry
Vladimir-Prelog-Weg 2
ETH Hönggerberg, HCI
  Dinámica molecular para el estudio de sistemas biomoleculares cuyo propósito es simular moléculas arbitrarias en solución o en estado cristalino por dinámica molecular o dinámica estocástica
         
HyperChem Hypercube, Inc. Windows, Mac, iPhone, iPod, iPad, Linux Mecánica molecular
         
ICM Molsoft, LLC. Demostración via web, Linux, Mac OsX, Windows Modelado molecular y optimización de geometrías en sistemas multimoleculares colocados arbitrariamente. Predicción de rearreglos moleculares en biopolímeros
         
Insight 11 Biovia (Molecular Simulations) Linux Modelado molecular
         
MacroModel Department of Chemistry, Columbia University and has now moved to Schrödinger, Inc Windows, Linux Modelado de moléculas orgánicas y bioorgánicas. Mecánica y dinámica molecular
         
ModelMaker ModelKinetix Windows Es un poderoso sistema de ventanas para diseñar, analizar y modelar procesos y sistemas.
         
Molecular Operating Environment (MOE) chemical Computing Group INC.   MOE shall be a computerizad enviroment dedicated to computational chemistry and bioinformatics in which scientific methodology can be rapidly protetyped, experimented with, verifier, deployed and effectively used.
         
Molecular Modelling Toolkit (MMTK) Python Unix, Mac OsX, Windows The Molecular Modelling Toolkit (MMTK) is a program library for molecular modelling applications. Its aim is to provide researchers, especially those working on the development of new modelling methods, with a code basis that can be easily extended and modified to deal with standard and non-standard problems in molecular modelling.
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Moilin Crystallography Centre
National University of Ireland, Galway, University Road, Galway, Ireland
windows Moilin will work in stand alone mode or under Oscail

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Modeller Lab of Molecular Biophysics at Rockefeller University UNIX/Linux, Mac, Windows Programa para homología y modelado comparativo de estructura tridimensional protéica
         
MOIL University of California at San Francisco Windows, Mac OS/X Linux Fedora Programa para visualizar y analizar estructuras, y dinámica molecular
         
Molgen-Ms Universität Bayreuth Windows Nt,2000   free libre
         
Molgen Universität Bayreuth Windows Elucidación de estructura química: generador de isómeros configuracionales, minimización por mecánica molecular
         
MOLGEN CCL DOS Elucidación de estructura química: generador de isómeros configuracionales, minimización por mecánica molecular
         
MOPAC CAChe Research LINUX, WINDOWS, Mac is a semiempirical quantum chemistry software package for the prediction of chemical properties and modeling of chemical reactions. It is used by chemists and biochemists for both research and teaching,
         
NAB Scripps Research Institute UNIX, linux, mac OX, windows Lenguaje de manipulación: modelado de ácidos nucléicos
         
NAMD Theoretical Biophysics Group, Beckman Institute Código fuente en C++ Dinámica molecular: paralelo, orientado a objetos, para simulaciones de sistemas moleculares biológicos
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Nemesis Oxford Molecular Windows, Mac Modelado molecular, búsquedas conformacionales
         
NWChem Environmental Molecular Sciences Laboratory
Pacific Northwest National Laboratory
Linux, Mac Biomolecules, nanostructures, and solid-state
From quantum to classical, and all combinations
Gaussian basis functions or plane-waves
Scaling from one to thousands of processors
Properties and relativity

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OPEN BABEL University of Arizona Windows, Linux, Mac. Babel es un programa diseñado para interconvertir numerosos archivos a formato de uso común en modelado molecular free libre
         
PCMODEL Serena Software SGI Modelado molecular
         
PKanalyst MicroMath Scientific Software Windows se diseño para simular y realizar la valoración de parámetros para los modelos farmacocineticos
         
Spartan Wavefunction Inc. Windows, Linux, Mac, unix Modelado molecular, incluye mecánica molecular
         
STR3DIMW Exorga, Inc. DOS, Windows Modelado molecular con campo de fuerza QVBMM para moléculas bioorgánicas como sacáridos, amino ácidos, nucleósidos y sus polímeros
         
Sybyl Certara Linux y puede ser visualizado de forma remota desde Windows, Linux y Mac. Modelado molecular
         
TINKER Washington University School of Medicine in St. Louis, Missouri linux, windows, macOs, Código fuente en fortran 77 Mecánica molecular con los potenciales de MM2, MM3, AMBER-95, AMBER/OPLS, CHARMM22 y el propio de TINKER. Dinámica molecular
         
Trident Wavefuntion, inc. Windows 2000. xp Calculate and analyze molecular structures, energies, and properties
         
VMD (Visual Molecular Dynamics) Beckman Institute MacOs,Unix,Windows Dinámica molecular: visualización y análisis.
         
Xmol ver 1.2 Network Computing Sevices, Inc. DEC Alpha, SGI IRIS-4d, IBM RS/6000, Linux Windows y Macintosh Paquete de modelado molecular en 3D con animaciones y cálculos de distancias entre átomos, ángulos de enlace y ángulos torsionales
         
VIDA & VIVANT Openeye Unix, Linux, Mac, Windows Molecular modeling is more than just generating numbers. It is about understanding, rationalizing, predicting, and, most importantly, communicating results. VIDA creates visual content by allowing the modeler to make live, interactive 3D views, annotated with important details, and organized in preset, "bookmarked" scenes. VIVANT "publishes" this content in a variety of media, including PowerPoint , Word and web pages. By lowering the barriers to communication and providing cutting edge graphics and science to all, VIDA and VIVANT bring the big picture home.

 
 

 

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